查看原文
其他

鼠标点2下,轻松将Pubmed文献保存到EndNote

小师弟 小张聊科研 2021-02-21

小师弟从本科时就开始使用EndNote管理文献,对于EndNote真的是又爱又恨。EndNote作为一个老牌文献管理软件,其龙头地位是无可置疑的。但是EndNote的槽点真的是太多了。

最大的一个槽点就是文献目录最大有三个层级library-group sets-group,对于喜欢胡乱看文献的小师弟来说,这点层级怎么够?其次,导入文献一定要先经过Imported References组,然后再移动到其他组,很多文献我们很清楚要导入哪些分组,此举甚是麻烦。EndNote不可以直接拖动PDF导入文献,不推荐相似文献,不支持last author,不显示选中文献所在的分组。此外,其羸弱的阅读功能,残废的在线搜索,零星的笔记功能,近乎没有的文献组织管理能力……还有曾经将我的本地文献库(library)和其云端文献库完全弄乱掉的脑残同步功能,一度让我放弃使用EndNote

经历过各种文献管理软件的折腾,我发现,EndNote有今天,都是同行衬托的好。其他的文献管理软件,除去其一两个闪光点,基本上都是垃圾(有空我会介绍一下其他文献管理软件的闪光点,不过也欢迎投稿)。所以小师弟虽然还保留着其他这些文献管理软件,但是文献管理的主要任务还是交给了EndNote。(毕竟,综合调用这些软件才能够更好的完成文献采集-阅读-管理-写作-备份和同步等功能。

今天,小师弟就介绍一款名叫Kopernio的插件,用来解决EndNote从浏览器导入PDF文献的痛点。


回顾以往EndNote从浏览器导入PDF文献的步骤

(想看干货的直接阅读推文后半部分,不过仔细看前半部分,肯定有收获)

在介绍插件之前,我们回顾一下平时我们从PubMed下载PDF文献导入EndNote的步骤:

1. 打开PubMed搜索到的文献页面。

2. 点击底部LinkOut-more resources全文链接跳转到出版商页面(或者通过scholarscope插件跳转到sci-hub下载页面)。

因为PMC full text提供的版本排版很差,所以不推荐点击此链接打开文献页面。

3. 在出版商页面找到PDF下载的链接(很多出版社PDF链接很难找,小师弟之前经常迷失在出版商页面中,总有出版商将PDF下载链接藏得非常隐蔽,有的还需要点击view full text之类的才显示)。

4. 点击PDF链接下载PDF文件;或者在浏览器中打开PDF文件,然后下载。

5. 定位到PDF所在的文件夹。

下载PDF后,根据浏览器设置可能会自动打开PDF或者不打开。

不管打开与否,你都需要在电脑上浏览到下载的PDF所在的文件夹(N多次双击或单击,如果桌面上打开的窗口非常多,经常会乱掉)。对于默认下载文件夹中包含很多文件的小伙伴来说,能够找到此PDF文件都很困难。

对于此步骤,也可以在浏览器中选择打开下载文件所在的文件夹——不过chrome一旦设置了总是使用系统查看器打开此类型文件,就不会出现打开所在文件夹的选项,就只好一级一级浏览到PDF所在的文件夹。也可以按照下图清除默认打开。

6. 通过将PDF拖动到EndNoteattached PDFs一栏导入参考文献。

EndNote会自动根据PDF检索网络生成reference,但是实际上这一步非常慢,经常要等上将近一分钟。这个时候你要是去做其他事情,很有可能将导入EndNotePDF文献给忘记了。而忘记的文献都存在Imported References组中,没有被正确分组(很傻的设置,不能够直接拖动到某个分组中)。

此外还应该注意,attached PDFs一栏一定要处于空白状态(表明未选中特定reference),要不然,会将导入的PDF作为选中的reference的附件,而不是生成新的reference如果attached PDFs一栏不是处于空白状态,需要来回切换group让其处于空白状态

这一步还需要EndNote窗口和资源管理器并排,需要来回切换窗口,让浏览器位于这两个窗口后面。总之就是一句话,非常不方便。

7. 对导入的文献进行分组。

 

其中,第5和第6步也可以设置为通过菜单File-import-file...,多次选择定位到PDF文献所在的文件夹。然后还是漫长的识别PDF生成reference的过程。

 

我们可以看到,上述步骤非常繁琐,PDFEndNote识别是限速步骤;而如果电脑上打开了非常多的窗口,定位到PDF文件所在文件夹也很烦心。

所以EndNote导入文献,对于在校生或者单位购买了数据库的工作人员,推荐下载citation导入EndNote之后,进行find full text下载PDF文献(尤其是批量下载的时候推荐用此法)。但是对于穷逼工作狗来说,有PDF的时候一定下载PDF,毕竟,EndNotefind full text经常会有文献下载不到。

 

使用Kopernio插件导入PDF文献

而如果安装了Kopernio插件,从浏览器导入PDF文献就非常简洁以及省时。只要点击鼠标2-3下,PDF连同referencemetadata就导入EndNote了。

第一次点击:PubMed或者以及其他Kopernio支持的出版社页面点击浏览器左下角的Kopernio标志,如下图


第二次点击:在跳转出来的页面中点击export to EndNote,浏览器就会自动下载ris格式的reference以及PDF文件。

值得夸耀的是,PubMed点击Kopernio图标,跳转出来的页面是原始出版商提供的PDF排版版本,而不是PMC full text那种很丑的排版版本


第三次点击(可省):下载完毕后,点击浏览器下方的ris文件,自动打开EndNote并导入reference以及作为file attachmentsPDF文件。比起导入PDF后进行识别,或者导入citationfind full text,都要节省步骤和时间。

而如果你设置了使用总是使用系统查看器打开ris文件,那么这个第三步都可以省了。也就是说,只需要点击鼠标2下,reference以及PDF就被导入EndNote了。这中间不用打开资源管理器,也不用最小化浏览器,EndNote会自动跳出变为最前窗口。


 

此外,Kopernio是科睿唯安(web of science所属的公司)官方推出的chrome插件,可谓根正苗红。Kopernio支持PubMed以及google scholar,同时也支持很多其他学术网站。安装了Kopernio之后,在浏览其所支持的学术网站时,都可以按照上述过程导入reference以及PDF。省去了很多步骤和时间。

此外,Kopernio还支持云端同步。如果使用学校邮箱注册,即使在校外,还可以使用本校的文献数据库资源,连VPN都省了。看了是不是很心动,赶紧下载用起来。

 

其他一些说明:

Kopernio导入ris文件同时导入PDF的原理是,在下载PDFris的时候,ris文件自动记录了同时下载的PDF文献所在的路径,导入ris的时候,自动根据这个路径导入PDF

Kopernio会在下载文件夹中生成一个Kopernio文件夹,里面包含所有的PDF文献。不推荐删除。如果要删除,可以在EndNote中选中导入的文献,然后通过右键-file attachments-convert to relative linksKopernio文件夹下面的PDF就会被拷贝到library所在的Data文件夹中。Kopernio文件夹就可以被删除了。这个技巧很强大,可以用来在各种文献管理软件间同时转移reference以及PDF附件。

Kopernio下载的文件夹可以进行设置。

Kopernio缺点:在线存储太小,有些网站支持不够好。


长按二维码识别关注“小张聊科研”

关注后获取《科研修炼手册》1、2、3、4、5、6、7,8和9。

    您可能也对以下帖子感兴趣

    文章有问题?点此查看未经处理的缓存